Από το 1393 αρχίζουν οι Τουρκικές επιδρομές που οδήγησαν τελικά στην οριστικά κατάληψη της περιοχής μας και την έναρξη της Τουρκοκρατίας. Λείπουν οι ιστορικές μαρτυρίες για την ακριβή χρονολογία συγκροτήσεως του οικισμού.

Για το Στεφανοβίκειο γράφει στο βιβλίο του, Γεωγραφία Μερική, 1815 (σελ.128) ο Αργ. Φιλιππίδης: « Εβγαίνοντας από το Γκιρλή (Αρμένιο) κατά Ανατολάς του δρόμου, έρχεσαι μια ώρα, αφήνεις αριστερά σου χωρίον Χατζήμισι χριστιανικόν. Έχει φαμελιές υπέρ τες σαράντα. Υπόκειται εις την κρίσιν από το Βελεστίνον, εις δε τα εκκλησιαστικά από τον Μητροπολίτην Δημητριάδος. Εδώ είναι, με κατάστασιν έχουν και εδώ εκκλησίαν, ως και τα άλλα». Οι Τούρκοι ονόμασαν το χωριό Χατζί – Μους και στα Ελληνικά παρεφθάρη ως Χατζήμισι (Χατζήμισυ, Χατζήμησι).

Οι Σκυλίτσηδες καταγόταν από τη Χίο και μετά την καταστροφή του νησιού (1822) διέπρεψαν στη Ρωσία και την Κωσταντινούπολη σαν έμποροι. Από τον προπάτορά τους Στέφανο Σκυλίτση προσέλαβαν κατά τη συνήθεια της εποχής το επώνυμο Στεφάνοβικ (προσαρμοσμένο στη ρωσική γλώσσα). Έτσι με την αποχώρηση των Τούρκων αγόρασαν τις ιδιοκτησίες τους στη Θεσσαλία κι έγιναν κάτοχοι τεράστιων εκτάσεων (32 τσιφλίκια). [Ιστορία του Ελληνικού Έθνους από 1881-1913 σελ.70]. Δυστυχώς με την εσφαλμένη πολιτική των Ελληνικών Κυβερνήσεων κατά τους πρώτους μετά την τουρκοκρατία χρόνους, δεν αποδόθηκαν τα κτήματα στους πραγματικούς δικαιούχους, δηλαδή στους αυτόχθονες κατοίκους της περιοχής.

Αναγνωρίστηκαν τα τουρκικά πωλητήρια έγγραφα προς τους πλούσιους ομογενείς της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.

Η οικογένεια Στεφάνοβικ παραχώρησε τα κτήματα αυτά προς το Ελληνικό Δημόσιο (Σύμβασις 1901). Παρ’ όλα αυτά τα κτήματα δεν μοιράστηκαν οριστικά, αλλά ενοικιάστηκαν. Η αντιφατική αυτή κατάσταση οδήγησε στα δραματικά γεγονότα του Κιλελέρ (Μάρτιος 1910), κατά τα οποία φονεύτηκε και ένας αγρότης από το Χατζήμισι, ο Στέφανος Ακριβούσης, και η οριστική διανομή έγινε μετά από λίγο καιρό.

Προς τιμήν της οικογένειας Στεφάνοβικ (η οποία παραχώρησε τις γαίες στο Ελληνικό Δημόσιο), ο οικισμός ονομάστηκε Στεφανοβίκειο. Αυτή η ονομασία από Χατζήμισι σε Στεφανοβίκειο έγινε το 1924 (ΦΕΚ 63/1924 τ.Β΄). Μέχρι το 1949 αποτελούσε οικισμό του Δήμου Αρμενίου, οπότε και με την υπαγωγή στο Ν. Μαγνησίας αποτέλεσε αυτόνομη κοινότητα. (Β.Δ. 2.2.48, ΦΕΚ 37/13.2.48)