Ο υδροβιότοπος που έχει αναπτυχθεί στη Λίμνη Κάρλα κρύβει μέσα του σπάνια είδη φυτών, ζώων και πουλιών που βρίσκουν καταφύγιο στην αγκαλιά του Μαυροβουνίου.
Σύμφωνα με τον Φορέα Διαχείρισης Κάρλα Μαυροβούνι Κεφαλόβρυσο Βελεστίνο στην περιοχή έχουν καταγραφή 20 οικότοποι, δάση, 753 taxa (με τον όρο αυτό περιλαμβάνονται τα ήδη και τα υποείδη μαζί). Στο Μαυροβούνι, µε τα μέχρι τώρα γνωστά στοιχεία, υπάρχουν 753 taxa.
Αξίζει να αναφερθεί ότι η χλωρίδα της περιοχής δεν έχει μελετηθεί συστηματικά και τα είδη και υποείδη που εμφανίζονται στο Μαυροβούνι πρέπει να ξεπερνούν κατά πολύ τα 1000. «Τουλάχιστον 50 από αυτά είναι φαρµακευτικά», αναφέρουν οι υπεύθυνοι του Φορέα.
O αριθμός των taxa που προστατεύονται φθάνει τα 25, είναι ιδιαίτερα σημαντικός λαμβάνοντας υπόψη ότι η χλωρίδα του Μαυροβούνιου δεν έχει μελετηθεί ενδελεχώς.
Στα δάση του Μαυροβουνίου, και στα νερά της λίμνης ζουν αγριογούρουνα, ασβοί, ζαρκάδια, πετροκούναβα, γκρίζοι λύκοι – μάλιστα χαρακτηρίζονται ως μόνιμοι κάτοικοι στην περιοχή-, κόκκινοι σκίουροι, λαγοί, κόκκινες αλεπούδες, αγριόγατες, καφέ αρκούδες – που αποτελούν σπάνιο και απειλούμενο είδος και βίδρες.
Τον κώδωνα του κινδύνου κρούουν για αρκετά από τα θηλαστικά οι υπεύθυνοι του Φορέα καθώς πέφτουν θύματα τροχαίων ατυχημάτων στην παλιά εθνική οδό Λάρισας – Βόλου, χαρακτηριστικά αναφέρουν ότι «ο εν λόγω δρόμος αποτελεί σοβαρό εμπόδιο για μεγάλο αριθμό ειδών πανίδας αλλά και ορνιθοπανίδας, για τον λόγο αυτό απαιτείται η λήψη μέτρων όπως η δημιουργία υπόγειων διαβάσεων σε τακτά διαστήματα».
Για άλλα είδη όπως το ζαρκάδι ο Φορέας αναφέρει ότι «η ύπαρξη εκτεταμένων ζωνών απαγόρευσης του κυνηγιού επιτρέπει τη συντήρηση ενός περιορισμένου αριθμού ζαρκαδιών. Απαιτείται η συνεχή φύλαξη των Προστατευόμενων Περιοχών και η διαρκής καταγραφή των πληθυσμών ώστε να μπορούμε να προτείνουμε τα καταλληλότερα διαχειριστικά μέτρα για την προστασία του μιας και θεωρείται είδος τρωτό».
Από τους καλλιεργητές όμως κυνηγιέται ο κόκκινος σκίουρος μιας και προκαλεί ζημιές κυρίως στις παραγωγές καρυδιών και κάστανου. Απαιτείται σύμφωνα με τους υπεύθυνους η εφαρμογή διαχειριστικών μέτρων για την προστασία των καλλιεργειών και την αποτροπή της θανάτωσης των ζώων.
Πολλά είναι τα αμφίβια αλλά και τα ερπετά που βρίσκουν καταφύγιο στον υδροβιότοπο, ενώ πλούσια είναι και η ορνιθοπανίδα που παρουσιάζει. Έχουν καταγραφεί συνολικά 194 είδη παρυδάτιων, υδρόβιων και αρπακτικών πτηνών στην περιοχή ταμιευτηρίων πρώην λίμνης Κάρλας αλλά και στον ορεινό όγκο του Μαυροβουνίου.
Από το σύνολο των παραπάνω ειδών, τα 97 είδη προστατεύονται σύμφωνα με τις ευρωπαϊκές οδηγίες για την ορνιθοπανίδα και τα είδη αντίστοιχα.
Δύο από τα σημαντικότερα είδη που χρησιμοποιούν τον χώρο του ταμιευτήρα της Κάρλας ως ενδιαίτημα τροφοληψίας και αναπαραγωγής είναι τα δύο είδη πελεκάνων που συναντώνται στην Ελλάδα ο αργυροπελεκάνος και ο ροδοπελεκάνος. Ο αργυροπελεκάνος διατηρεί την τρίτη μεγαλύτερη αποικία στην Ελλάδα που αριθμεί 800-900 πουλιά. Ο ροδοπελεκάνος εμφανίζει συνεχώς αυξητική τάση και σήμερα η αποικία του αριθμεί 300 – 350 πουλιά.
Σε ό,τι αφορά στην ιχθυοπανίδα, στον ταμιευτήρα της Κάρλας απαντούν δεκατρία είδη ψαριών που ανήκουν σε έξι οικογένειες με κυρίαρχη την οικογένεια των Κυπρινίδων. Στους γειτονικούς υδροταμιευτήρες καταγράφηκαν συνολικά έξι είδη ψαριών, η Βελονίτσα, το Ηλιόψαρο, ο Θεσσαλογωβιός, το Κουνουπόψαρο, ο Κυπρίνος και το Σίρκο της Θεσσαλίας. Σε ρέματα της ανατολικής Όσσας -Μαυροβουνίου καταγράφηκε ένα είδος ψαριού, το Barbus sperchiensis που είναι σχεδόν απειλούμενο.
Στα εσωτερικά ύδατα της περιοχής Οικοανάπτυξης Κάρλας Μαυροβουνίου Κεφαλόβρυσου Βελεστίνου διερευνήθηκαν και καταγράφηκαν τόσο ψάρια αλλά και άλλων ειδών ψαριών που θεωρούνται σημαντικά για την Ελλάδα σε τόπους Κοινοτικής Σημασίας του δικτύου Natura 2000, οι οποίοι υπόκεινται στη δικαιοδοσία του Φορέα Διαχείρισης.
* Εντός της προστατευόμενης περιοχής εντοπίζονται συνολικά έξι Καταφύγια Άγριας Ζωής. Αυτά εντοπίζονται στην περιοχή της τεχνητής λίμνης, στο δάσος της ιεράς μονής Φλαμουρίου, στην περιοχή Δασαρχείου Αγιάς στο δασόκτημα Πολυδενδρίου, στη δασιά Πλατάνια που περιλαμβάνει την περιοχή Σκήτη – Αμυγδαλή – Ποταμιά, στο Σκλήθρο και στην περιοχή της Αγναντερής.